民國84年，臺灣的考古學家首次在東沙島上進行考古挖掘，發現中國古代常民所使用之陶瓷物等碎片和明顯的文化層，取名為「東沙遺址」，遺址位在島上小潟湖北側南岸的中段，出土的遺物，以日常生活的陶瓷器為主，另有豬骨、魚骨及貝類等遺留物。此外，亦發現有殘留之柱洞等人類活動的痕跡，從遺跡現象初步判斷，屬於漁民多次性利用、臨時居留的可能性較高。

　　東沙遺址已依「文化資產保存法」列冊以列入保護之範疇劃入史蹟保存區，以作為國家公園之文化史蹟資源，用以達成國家公園「文化、活化、永續」之目標。