為加強國家公園管理處與相關單位之夥伴關係、有效運用現有資源及強化區域整合及協調溝通，海洋國家公園管理處於民國101年1月10日訂定「東沙環礁國家公園經營管理聯繫協調會議作業要點」，定期邀集海洋委員會海巡署東南沙分署東沙指揮部(海域及海岸巡防勤務之執行)及艦隊分署第五海巡隊(海域巡防勤務之執行)等相關單位，研商園區之經營管理與合作。近年來，經營管理聯繫協調平臺之成員已擴大至各駐島單位及相關機關，如文化部文化資產局、國防部軍備局、海洋委員會海洋保育署、高雄市政府等，任務如下：

(一)東沙環礁國家公園園區之經營管理、環境維護、人員安全、海域執法及其他重要事項之協調與統合。

(二)建立區域整合及溝通協調平臺，增近經營效能，有效連結國家公園內公部門，促進整體發展。

東沙環礁國家公園經營管理聯繫協調平臺成員示意圖