依據國家公園法第3條、第5條之規定，國家公園主管機關為內政部，為辦理國家公園之業務，設國家公園管理處，負責計畫之執行及國家公園事業之管理監督。海洋國家公園管理處於民國96年10月4日成立，係依據內政部發布之國家公園管理處組織準則設置，轄管東沙環礁及澎湖南方四島2處國家公園。

海洋國家公園管理處置處長1人，綜理處務；置副處長1人、秘書1人，襄理處務；並設置企劃經理科、環境維護科、解說教育科、保育研究科4個業務單位，及東沙管理站、東吉管理站、嶼坪管理站(以上2站管理範圍屬澎湖南方四島國家公園)，另設行政室、人事機構、主計機構等3個行政單位。

東沙環礁國家公園之海陸域資源保護與治安秩序維持事項，由東南沙分署東沙指揮部、艦隊分署第五海巡隊進行護管業務，未來保安警察第七總隊第七大隊將籌設警察小隊進駐，共同執行本園區環境保護與資源維護業務。

海洋國家公園管理處及相關機關組織示意圖