一、保護管制原則

(一)確保生態系統之完整與多樣性

東沙環礁國家公園擁有豐富的珊瑚礁、海草床、潟湖及陸域生態系，因此保護計畫應著重各生態系的健全發展，維持生物多樣性，確保生態系統之完整。

(二)保護特殊自然景觀

凡屬本園區獨特之地質地貌景觀，均應妥善保護並嚴禁破壞，確保其永續發展。

(三)保全資源及提高環境品質

對已遭受嚴重破壞之重要資源、生態系與景觀，應謹慎從事復育工作，以確保國家公園之環境品質及資源整體性。

(四)保存及活用文化資產

保存史蹟遺址及水下文化資產，並進行保護、維護、研究、解說教育與推廣等工作。

二、保護管制計畫

保護管制計畫係依前述原則並針對資源之多樣性、稀有性、代表性、特殊性及教育性，研訂本園區內應予保護管制之資源對象及保護管制措施(另詳本章第四節保護利用管制原則)，茲說明如下：

(一)海洋環境、地形地質及其景觀資源之保護

1.保護對象

本園區景觀須保護東沙環礁及海域環境特徵，對象如下：

(1)東沙環礁之礁台、礁湖、礁外斜坡、水道等。

(2)東沙島之潟湖、海岸、沙洲及沙灘等。

(3)其他海洋環境特徵，如珊瑚丘、淺灘等。

2.保護管制措施

本園區須加保護之海洋環境、地形地質及其景觀資源，主要劃設為生態保護區或特別景觀區。除依國家公園法之規定外，另依計畫需要規定其保護方法及管制事項。

(二)動植物資源及其景觀之保護

1.保護對象

本園區亟須保護或復育之生態資源與景觀，包括海域之珊瑚礁、海草床、潮間帶等海洋生態系，及東沙島之陸域與潟湖生態系，對象如下：

(1)珊瑚礁生態系：包括石珊瑚、軟珊瑚及其珊瑚群聚、各類珍貴的珊瑚礁魚類、軟體動物、甲殼類等無脊椎底棲動物。

(2)海草床生態系：包括海草及其附生藻與大型藻、各類海草床棲地之魚類、海龜、無脊椎動物、浮游生物等。

(3)陸域生態系：包括過境鳥類、昆蟲、甲殼類、爬蟲類(含海龜)動物等，及沙灘植群、海岸灌叢植群、海岸林植群等原生植群。

(4)潟湖生態系：包括潟湖內優勢海草、淡水綠藻等植物、大型掠食性魚類、沙灘地及潮間帶棲地常見之螺貝類，及角眼沙蟹與招潮蟹等甲殼類動物。

2.保護管制措施

前述保護對象，主要劃設為生態保護區及特別景觀區予以保護。除依國家公園法及本計畫之規定外，如有發現重要保護對象，則加強現場巡邏及監測，另依計畫需要規定其保護方法及管制事項。

(三)人文史蹟之保護

1.保護對象

主要保護對象包括園區內的史蹟、遺址及有關古物，及具歷史文化價值的建築物、設施及有關文物等，對象如下：

(1)東沙考古遺址、東沙指揮部遺址、東沙碼頭遺址及其相關古物。

(2)海域已調查及潛在之水下文化資產及其相關古物。

(3)具歷史文化意義的國碑、島碑及廟宇等建造物及附屬設施群，及有關文物。

2.保護管制措施

前述保護對象，依國家公園法規定，劃設為生態保護區、特別景觀區及史蹟保存區予以保護。東沙考古遺址應保存其原有形態，由國家公園管理處會同高雄市政府擬訂管理維護計畫核准後實施。本園區後續營建工程或其他開發行為，若發見疑似考古遺址，應依文化資產保存法第57條規定辦理。東沙指揮部遺址、東沙碼頭遺址為列冊考古遺址，其營建工程或其他開發行為應依考古遺址監管保護辦法第8條規定辦理。毀損考古遺址之全部、一部或其遺物、遺跡，依文資法第103條規定罰之。