一、東沙環礁國家公園範圍內之土地及海域，除依國家公園法及其他相關法令之規定管制外，應依本保護利用管制原則之規定。

二、海域生態保護區內之海域以保護海洋環境及維護生物多樣性為目的，其使用應依下列規定：

(一)除為因應學術研究、環境教育、公共安全或經營管理上特殊需要，經國家公園管理處報請內政部核准外，禁止下列行為：

1.興建任何建築物或人工設施。

2.採集標本、捕撈生物及採取底泥、岩石等天然物。

3.投放人工魚礁、爆破或其他改變地形等行為。

4.採取、打撈水下文化資產。

5.使用化學藥劑。

(二)禁止一般水域活動，但為學術調查研究需要，經國家公園管理處許可者不在此限。

(三)禁止任何形式之載具於本區停留，但為執行公務、受公務機關委託執行相關業務、或經國家公園管理處許可者不在此限。

三、海域特別景觀區之海域及東沙島潟湖特別景觀區之水域，以保護海洋特殊天然景緻、維護海洋環境及生物多樣性為目的，其使用應依下列規定：

(一)除必要之國防、巡防、安全、衛生、保育研究及環境教育設施外，不得興建任何設施或新堆置消波設施。

(二)除為維護安全、保育研究需要，經國家公園管理處報請內政部核准外，禁止下列行為：

1.投放人工魚礁、爆破及改變地形。

2.採取或打撈水下文化資產。

(三)禁止以任何方法捕撈生物或使用化學藥劑，但為學術研究需要，經國家公園管理處許可者不在此限。

(四)經國家公園管理處許可，得作學術研究調查和環境教育潛水或浮潛活動。

四、陸域特別景觀區之土地以保護特殊天然景緻及人文景觀為目的，其資源、建築物、設施及土地之使用，應依下列規定：

(一)除必要之國防、巡防、安全、衛生、保育研究及環境教育設施外，不得新建任何建築物或新堆置消波塊。

(二)禁止原有地形、地物之人為改變及採取生物遺骸風化之沙礫。

(三)除經國家公園管理處許可外，禁止下列行為：

1.必要解說標示牌或安全警示牌之任何其他類似物設置。

2.原有建築物之修建、改建或增建。

(四)依總體景觀復育之需要，應進行必要之環境復育措施。

(五)發現或見有古物或疑似古物，不得有採取、攜帶、敲擊或足以損壞標的之破壞行為，應立即通知國家公園管理處或文化資產主管機關採取必要維護措施。

五、史蹟保存區內之土地，以保存重要史前考古遺址、有價值之歷史古蹟及文化資產為目的，其建築物及土地之使用，應依下列規定：

(一)東沙考古遺址應保存其原有形態，由國家公園管理處會同文化資產主管機關擬訂管理維護計畫核准後實施。

(二)禁止整地、採取土石、敲擊、切割、挖掘或足以損壞保護標的等破壞行為。

(三)禁止於古蹟文物上加刻文字或圖形。

(四)學者專家、學術或專業之機構或團體申請探勘、研究東沙考古遺址或從事考古研究活動，應經國家公園管理處許可，並經直轄市定考古遺址、列冊考古遺址主管機關高雄市政府同意後，始得為之。

六、水下文化資產及其所定著的空間，以保存歷史文化遺跡及其相關文物為目的，其使用應依下列規定：

(一)水下文化資產應保存其原有形態，水下文化資產主管機關就已公告之水下文化資產保護區，會商國家公園管理處訂定管理保護計畫，並進行管理保護。

(二)禁止採取、敲擊、切割或挖掘土石。

(三)禁止採取、打撈水下文化資產，以及於古沉船與其相關文物上加刻文字或圖形。

(四)以水下文化資產為標的之考古研究活動，其進行前應由學者專家、學術或專業之機構或團體，提出水下文化資產活動計畫，向主管機關申請核准，並經國家公園管理處許可後，始得為之。

七、一般管制區內包括陸地部分及海域部分，因應國家公園經營管理、國防、海岸巡防或環境復育之需要，經國家公園管理處許可後，得設置國防、海岸巡防、公共安全、交通運輸、環保衛生、再生能源、保育研究、環境教育等保護及經營管理相關設施。其使用應依下列規定：

(一)海域一般管制區內之水域，除保護海洋生態資源外，得為泊船、運補及訓練等原水域利用型態之現況使用。除經國家公園管理處許可外，禁止投放人工魚礁、新建人為設施、釣魚或採撈動植物資源。

(二)陸域一般管制區內土地之建築物高度不超過二層樓且簷高七公尺，並須與自然景觀調和。

(三)陸域一般管制區劃設三種次分區，其建蔽率及使用規定如下：

1.第一種一般管制區(簡稱管一)，供巡防安全任務及國家公園經營管理相關使用，建蔽率不得超過百分之三十。區內集水坪應維持原使用型態不得建築。

2.第二種一般管制區(簡稱管二)，除供公共設施使用外，以維持自然狀態為原則，建蔽率不得超過百分之五。

3.第三種一般管制區(簡稱管三)，供生態廊道串聯使用，原則上本次分區不再新建建築物，原建築物得修建、改建及從原來之使用。

(四)為國防安全、海岸巡防、再生能源、國家公園經營管理及保育研究之需要，經國家公園管理處許可，其建築物樓層數、簷高及建蔽率得不受第二款、第三款之限制。

(五)本區具有歷史文化價值的建築物、設施及有關文物，經認定應予保存維護者，如確有增建、修建、改建之必要，應忠於原貌，依原有或類似之材質修復之。

(六)其他經國家公園管理處公告之事項。